インストール後にapt-get autoremoveを実行しているようです。
autoremoveは、依存関係から不要と判断されたパッケージを自動的に削除してくれる便利な機能ですが、明示的にインストールしていないパッケージは、削除対象としてしまうようです。
最初にアップグレードした時には、zabbix-server-mysqlとmysql-server-5.5が削除対象となっていました。(redmineパッケージで致命的なエラーになった原因もMySQLが削除されてしまったからかもしれません。あとで気が付きましたがopen-jdkも削除されていました。)
インストール済みのzabbix-server-mysqlを明示的にインストールするとautoremoveで削除対象とならずに、無事アップグレードすることができました。
アップグレード
Ubuntu 11.10の最新版からバージョンアップされているパッケージは以下のと通りでした。
パッケージ | Ubuntu 11.10 | Ubuntu 12.04 |
Linux | 3.0.0-19-server | 3.2.0-24-generic |
Apache2 | 2.2.20 | 2.2.22 |
Zabbix Server/Agent | 1.8.5 | 1.8.11 |
redmine | 1.1.3-4 | 1.3.2 |