SeamlessRDPを使ってLinux上でシームレスにWindowsアプリケーションを動かす記事があります。
スクリーンショットだけみるととても魅力的です。
Windowsは、VMWareなどの仮想環境で動作させるので、どこまで実用的かはやってみないとわからないですが…
http://www.itmedia.co.jp/enterprise/articles/0802/08/news014.html
Ubuntuの次期バージョンでは、VirtualBoxが使えるようになるので、この組み合わせで環境構築したいところです。